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药物或其他代谢物与内源性大分子的共价结合产物称为结合残基。动物组织中共价偶联物(结合残基)的存在表明兽药对目标动物具有潜在的毒性作用。兽药残留检测仪的出现可以检测抗生素、磺胺类、呋喃类、抗球虫药、激素类药物和驱虫药。磺胺类药物残留主要包括磺胺甲基嘧啶和磺胺甲基嘧啶，药物残留主要包括雌二醇。
在现代农业中，兽药被广泛使用。随着公众对食品安全的认识和重视，兽药残留检测已成为一个重要的管理问题。
此外，近年来，由于蜜蜂在冬季常患细菌性疾病，而一定剂量的抗生素可以治疗细菌性疾病，抗生素在蜜蜂中的使用也逐渐增多。由于抗生素的广泛使用，蜂蜜中有抗生素残留。抗生素残留主要有四环素等。
另一个重要而紧迫的问题是，人类正面临着抗生素耐药细菌的威胁。给动物喂食低剂量的(预防性)抗生素可能会促进细菌对这些或其他药物的耐药性。人们在准备或食用食物时可能会接触到这些耐药细菌。已经证明，人类已经产生了由动物性食物引起的耐药沙门氏菌病。
动物源性食品中药物残留对人类健康的影响是一个有争议的问题。虽然人类对接触残留药物的兴趣仍有争议，但人们普遍认为，由于药物的振幅反应或耐药菌数量的增长，食品中潜在的问题会增加。如中、低剂量牛奶β已被内酰胺引起过敏反应的病例所证实。也有报道称牛肉对氨基糖苷类敏感。
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